抓捕徐乾学并不难，锦衣卫指挥使司在抓人方面是有成熟经验的。但毕竟这是个现任的内阁协办大学士，而且尚无明旨治罪，所以还是要讲点技巧。邹树人指示尚之瑛，为了不造成百姓的恐慌，选在申末酉初太阳落山，街上行人稀少的时候，带人先围住徐家，然后再动手。
抓捕过程非常顺利，徐乾学看到是朱和?亲自带队，乖乖地束手就擒。尚之瑛又命手下，将徐家前后各门都贴上封条，禁止一切人等出入，第二天自会有内务府护军前来抄查家产。
朱和?则带队，用一顶小轿将徐乾学送往锦衣卫诏狱关押。
诏狱位于西院的东北角，东面临着宣武门内大街，西面就是锦衣卫指挥使司的衙门，由十五座三间联排的房子组成，也就是说，最多能同时关押四十五个人。这座诏狱是光复京城之后重建的，没有传说中吓人的地牢、刑具房之类，只是每间房子都非常窄小。屋前是一个小院，屋子本身只有一门一窗，都是向着小院开的。门偏左，进门是是个“客厅”，其实只有六尺见方，放着一张桌子和一张凳子，桌上供着一座神龛，神龛里的神像，囚犯可以在佛祖、老君、关帝、耶稣之中选一个。“客厅”右边是“卧室”，与“客厅”一般大小，靠墙放着一张没有帷帐的小床，勉强能睡下一个成年男性，临窗还放着一张小书桌，上面有笔墨和砚台，但想要写字的话，要临时申请纸张。
诏狱里的一日三餐都按时供应，伙食按照百姓的标准，属于中上水平。家属可以递送衣物替换，但不能递送食物。囚犯若是有旧病需日常服药的，必需请太医重新看视之后开方，由诏狱的伙房煎熬送服，家属也不能递送。
总之，住在诏狱里是绝对不会舒服的，虽然不用受刑，但对于平日养尊处优的官员们来说，仍然是度日如年。而从这个时刻开始，徐乾学要在锦衣卫诏狱里住上一段时间了。
军机处下决心抓捕徐乾学，是因为邹树人拿到了一些证据。之前派人暗中监视徐乾学，是想要清查他与王泽弘内外交通。不料不查不知道，一查吓一跳。徐乾学家虽然算不上门庭若市，但在内阁诸臣当中算是一等一的热闹。
据锦衣卫调查，经常出入徐府的人大致有三种，最多的是各种输送利益的，比如外省官员孝敬陋规的，以及花钱跑官的，徐乾学贪名在外，大家也懂得投其所好；第二种是各种官员、文士往来，多数就是江南乡党，也有一些在京赋闲之人，其中自然也包括王泽弘，这些人往往是通过赠送书籍文玩结交徐乾学，打听中枢政务，想收“春江水暖鸭先知”之利；第三种人只有一个，就是湖广总督明珠，他的长子纳兰性德是徐乾学的弟子，两家关系甚为亲近，而明珠身在湖广，最担心的就是中枢有人对他不利，尤其是索额图，所以刻意与徐乾学结交，以为奥援。
军机处的众人对徐乾学的态度非常一致，就是过去看在他舅舅顾炎武的份上，捏着鼻子用他，现在大好机会，正好一举拿下此人。